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“欢乐时空”里欢乐交流—— 浪潮集团与信息学院师生举行三代测序交流会
发布者:辛西发布时间:2016-11-26浏览量:3259







  (图|通讯员汪瑞敏  文|马俊潇、陈静、宋佳明)Happy Hour里欢乐交流。11月24日下午4点,一场别开生面的交流会在逸夫楼C座3楼大厅举行。在一个开放宽松的大厅里,浪潮集团技术高管与华农信息学院师生就信息三代测序进行了深入交流。交流会由信息学院院长张红雨教授主持,浪潮集团湖北区高性能产品经理周湘云、浪潮集团高性能产品部生命行业总监成嵩婷、浪潮集团高性能产品部工程师朱红、浪潮集团湖北区教育行业客户经理王晶,信息学院陈玲玲、孔德信、高军教授,马彬广、胡学海、杨庆勇、杜立凯副教授,以及本科生、研究生代表40余人参加会议。

  会议伊始,已有不少没抢到座位忠实“粉丝”站在了后面,对于这样“人多凳少”的热闹场面,院长张红雨教授幽默地说,“可能不少同学是闻着我们‘Happy Hour’准备的美味而来,但今天更为丰富可口的应该是学术大餐!”一席话语惹得大家在轻松愉快的氛围下正式开始了交流。

  浪潮信息高性能服务器产品部朱红博士带来了第一场报告——如何应对基因大数据的挑战。朱红提出3个观点。第一,目前基因大数据的的产生速度远高于数据处理速度,测序普及速度也远高于数据分析普及速度;其次,在三代测序基因组组装上,就Falcon组装方法而言,庞大的数据量对磁盘的读写需求非常大,无疑是目前设计程序的瓶颈所在;最后,他指出了二代测序基因数据分析时分析方法上存在基因数据分析软件众多、流程复杂,数据处理上存在基因数据分析数据量大、中间结果多、参考数据知识库繁杂等问题。朱红的汇报刚结束,“计算速度与存储配置应该如何平衡”、“临时文件最大的峰值是多少”“总共的读写数据量能达到多少”……坐在前排的高军、孔德信、陈玲玲等老师早已按捺不住,接二连三地抛出想要了解的问题,大家如火如荼地讨论起来。

  信息学院研究生代表宋佳明作了关于“三代测序组装软件”的汇报。他简要介绍了现有籼稻基因组MH63RS1的组装过程,并且基于MH63 Pacbio WGS测序数据对现有三代组装软件HGAP、Canu、Falcon、Miniasm进行了比较,总结了它们在CPU时消耗、内存占用以及组装结果Contig N50等方面的差异及其应用过程中的互补性。宋佳明的导师陈玲玲教授介绍了课题组在植物基因组学的研究领域及其进展,陈玲玲表示,学院的办学愿景是“融入产业体系,加入国际循环”,希望能与浪潮开展进一步的合作与交流。

  演讲汇报后,Happy Hour主题冷餐交流在张红雨院长的主持下开始,他提出“大家可以在美食中继续结对交流!”记者注意到,不同一般的茶歇,此次交流会除了品牌蛋糕师傅亲自在现场摆盘操作外,外卖“小哥”也很贴心地送来了披萨、炸鸡等专为“90后”准备的各式快餐,现场好不热闹。研三学生陈静表示,今天的交流很特别很受用,“现在面临毕业,很多公司面试会涉及到三代测序方面,参加这次交流会是为了储备一些相关知识,今天的信息量很大,需要好好‘消化’,今天获得了知识和美食双丰收!”

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